منابع و ماخذ پایان نامه ژنتيکي، بررسي، مارکر

ي ،تقسيم کننده هستند که يک خوشه بزرگ را که در برگيرنده همه اطلاعات ميباشد را در داخل گروههاي کوچکتر تقسيم ميکنند و اين فرايند را تا آنجا تکرار ميکنند تا اينکه تمام خوشهها تقسيم شود. ديگر روشهاي ردهبندي داراي خاصيت تراکمسازي هستند و برمبناي پيدا کردن اقلام مشابه استوارند بدين طريق که ابتدا مشابهترين جنس در يک خوشه قرار ميگيرد و سپس اقلام مشابهتر به آن خوشه افزوده ميشود تا اينکه تمامي اقلام در يک خوشه بزرگ مجزا گنجانيده شوند (31). روشهاي ردهبندي داراي خاصيت متراکمسازي در علوم طبيعي بيشتر متداولاند. نتايج حاصل از تجزيه و تحليل خوشهاي توسط دندروگرام مشخص ميکند که اقلام اوليه در چه سطحي از شباهت درون خوشههاي مجزا قرار گرفتهاند . محور x ميزان شباهتها و فاصلهها را نشان ميدهد، خوشهها ممکن است 2 به2 (جفت جفت) به همديگر متصل شوند و متناوباً شاخههاي بعدي به خوشه موجود افزوده شوند اين گونه پيوستن متوالي از نمونههاي انحصاري ، به صورت زنجيرهاي صورت ميگيرد که البته مشکل اساسي اين روش اثر زنجيرهاي ميباشد که تفسير و تشخيص گروههاي حاصل را مشکل ميسازد. تعيين تعداد گروههاي اصلي در آناليز خوشهاي اغلب هدف عمده ما محسوب ميشود . به طور کلي يک روش براي گروهبندي دادهها تعريف ميشود که بر اساس طول شاخههاست ، گاهي اوقات گروهبندي شاخهها بر اساس سطح ثابتي از تشابه تعريف ميشود به طوريکه يک خط در يک سطح انتخاب شده از تشابه ترسيم ميشود و تمام شاخههائي که اين خط را قطع کردهاند ، نشان دهنده يک گروه مجزا ميباشند(32).
1-15-2 تجزيه خوشهاي:
تجزيه خوشهاي روشي مناسب براي گروهبندي افراد مي باشد، به طوري كه اولاً افراد هر گروه با در نظر گرفتن خصوصيات ويژهاي، مشابه باشد و ثانياً هر گروه بايستي از لحاظ همان خصوصيات مشخص با گروه ديگر تفاوت داشته باشد. با اين مفهوم كه مشاهدات درون يك گروه با مشاهدات گروه ديگر تفاوت داشته باشد. مفهوم واژه تشابه به اهداف تحقيق بستگي دارد و در هر تجزيه بايستي تعريف شود.
1-15-3 ضريب شباهت:
اولين مرحله در تجزيه كلاستر، انتخاب نوع معيار فاصله يا شباهت ژنتيكي است. فاصله يا شباهت ژنتيكي بين ژنوتيپها يا جمعيتها ميتواند بسته به نوع صفات مورد مطالعه و دادههاي حاصله، با استفاده از روشهاي مختلف برآورد شود. در مورد دادههاي حاصل از صفات كمي فاصله اقليدسي از متداولترين معيارهاي برآورد فاصله ژنتيكي است. براي صفات كيفي يا دادههاي نشانگر كه به صورت يك و صفر بيان مي گردند، ضرايب متعددي براي برآورد فاصله يا شباهت ژنتيكي استفاده ميشوند كه مهمترين آنها عبارتنداز: ضريب شباهت جاكارد، ضريب ني و لي، ضريب تطابق ساده (58).
1-15-4 انتخاب الگوريتم:
مرحله دوم انتخاب نوع الگوريتم جهت كلاستر بندي است. الگوريتمهاي متعددي براي تجزيه كلاستر پيشنــهاد شدهاند. اين الگوريتمها به دو گروه اصلي تقسيم ميشوند: 1-روشهاي مبتني بر فاصله كه فاصله يا شبـاهت دو به دو افراد يا ژنوتيـپها جهت گروهبندي محاسبه ميشود2- روشهاي مبتني بر مدل كه فرض بر اين است كه افراد درون هر كلاستر، مشاهدات تصادفي از برخي مدلهاي پارامتري بوده و استنباطات آماري مربوط به پارامترهاي هر كلاستر و تعيين عضويت در هر كلاستر با استفاده از روشهاي آماري استاندارد مانند حداكثر درشت نمايي و … انجام ميگيرد. در مطالعات ژنتيكي بيشتر از روشهاي مبتني بر فاصله، به خصوص روش اتصال ميانگين (UPGMA) استفاده ميشود، كه البته مشكل اساسي اين روش اثر زنجيرهاي است كه تفسير و تشخيص گروههاي حاصل را مشكل ميسازد (58).
1-16 بررسي كارآيي الگوريتم مورد استفاده در تجزيه كلاستر:
معيارهاي متفاوتي براي بررسي كارآيي الگوريتمهاي مختلف كلاستر استفاده ميشوند كه از متداول ترين آنها ميتوان به ضريب همبستــگي كوفنـتيك اشاره كرد. اين ضريـب، همبستگي بين ورودي) ماتريس شباهت و يا فاصله (و خــروجي (ماتريس كوفنتيك كه از دندوگرام بدست مي آيد(، تجزيه كلاستر را نشان ميدهد، كه مقدار آن بين 0 الي1 ميباشد. اگر اين ضريب بزرگتر يا مساوي 9/0 باشد، نشاندهنده كارآيي الگوريتم در گروهبندي است . با اين وجود در مورد دادههاي مولكولي ضريب پايين به مفهوم عدم كارآيي آن الگوريتم نيست بلكه نشاندهنده اختلال در دادهها به علت وجود دادههاي گمشده است. اگر9/0 r باشد برازش بسيار خوب است. اگر 9/0 r 8/0باشد برازش خوب است. اگر 8 /0 r 7/0 باشد برازش ضعيف است. اگر r کمتر از 7/0 باشد برازش بسيار ضعيف است (49).
1-17 شاخص شانون
يک اندازه‌گيري که بوم‌شناسان براي بررسي فراواني درجمعيت به کار مي‌برند شاخص شانون-واينر يا اطلاعات است. اين شاخص يک فرمول رياضي است که از نظريه‌ي اطلاعات گرفته شده است که به وسيله‌ي مهندسان براي تحيلي بازدهي انتقال داده در خط‌هاي تلفن توسعه يافته است. اين شاخص، H، با فرمول زير به دست مي‌آيد:
H=-Sigma Pi ln Pi
هر چند که پيچيده به نظر مي‌رسد، معني آن اين است که براي هر گونه نسبت (p) آن به کل را تعيين ميکنيد و سپس آن شماره را در لوگاريتم طبيعي آن عدد (ln) و خود آن عدد ضرب مي کنيم. تا اينجا p ln p به دست مي‌آيد. اين کار را براي هر گونه در اجتماع انجام مي‌دهيم و سپس همه‌ي شماره‌هاي به دست آمده را جمع مي‌کنيم. از آنجا که اين شماره منفي خواهد شد، براي آساني کار آن را مثبت مي‌کنيم. هر چقدر اين پارامتر بيشتر باشد نشان دهندهي فاصله و تمايز بيشتر در بين جمعيتهاست(28).
1-18 بررسي تنوع و تفاوت ژنتيکي بين جمعيتها براساس آناليز Nei
جهت کمي نمودن تمايز درون و بين جمعيتها از آناليز Nei استفاده ميشود که از سه ضريب متفاوت تشکيل شده است:
تنوع ژنتيکي کل جمعيتها HT
تنوع ژنتيکي درون جمعيت HS
تنوع ژنتيکي بين جمعيتي GST
اين سه برآورد به صورت زير به هم مرتبط هستند:
GST=(HT – Hs)/HT
نهايتا با استفاده از فرمول زير جريان ژني (Nem) نيز محاسبه ميگردد که متوسط مهاجرت در هر نسل را نشان ميدهد(28):
Nem=0.5(1 – GST)/GST
اين معيار براي اندازه گيري فاصله ژنتيكي بين جمعيت ها كاربرد فراواني دارد.
1- 19 سابقه تحقيق
1- 19- 1 مروري بر برخي پژوهشهاي علمي انجام شده بر روي Quercus brantii Lindl.
درحال حاضر عمده مطالعات صورت گرفته بر روي Quercus brantii Lindl. در داخل کشور، معطوف به ترکيبات، اسانس و اسيدهاي چرب و اثرات درماني بوده است. در اين گونه در رابطه با بررسي روابط فيلوژنتيکي توسط مارکرهاي مولکولي کارهاي بسيار کمي صورت گرفته است، مشايخي و همکاران در سال 1389 بهوسيله مارکرAFLP هشت جمعيت از Quercus brantii Lindl. در استان چهارمحال و بختياري را از لحاظ روابط ژنتيکي مقايسه کردند. نتايج آنها نشان داد که در استان چهارمحال و بختياري سطح بالايي از تنوع بين و درون جمعيتهاي بلوط ايراني وجود دارد(9).
ذوالفقاري و همکاران از تکنيکSSR براي بررسي تنوع و روابط ژنتيکي بين جوامع مختلف ارتفاعي بلوط ايراني در استان کهکيلويه و بوير احمد استفاده کردهاند و به اين نتيجه رسيدهاند که بلوط ايراني در اين جوامع از تنوع ژنتيکي بالايي برخوردار است و ارتفاع تاثير جالبتوجهي بر اين تنوع دارد. به طوري که جوامع مستقر در ارتفاعات پايينتر از لحاظ ساختار ژنتيکي تفاوت معنيداري با جوامع موجود در ارتفاعات بالاتر دارند و کمترين فاصلهژنتيکي نيز بين درختان طبقه ارتفاعي بالا و خيلي بالا وجود دارد و مارکر SSR به دليل پليمورفيسم بالايي که نشان داد مارکري کارآمد براي بررسي اين گونه از بلوط ميباشد(3).
از آنجايي که بلوط ايراني اندميک ايران و ترکيه ميباشد در خارج از کشور ايران هيچ مطالعهاي بر روي ژنوم و تنوع جمعيت بلوط ايراني انجام نشده است.
مطالعات ديگري نيز بر روي ساير گونههاي بلوطQuercus در بيشتر نقاط دنيا انجام شده است چرا که اين گياه از لحاظ اکولوژيکي، اقتصادي و … حائز اهميت است و همه اين تحقيقات نشانگر وجود تنوع ژنتيکي بالا در بين و درون جمعيتهاي بلوط ميباشد.(14و5)
1-19-2- مروري بر برخي پژوهشهاي انجام شده با استفاده از نشانگرSRAP
مارکر SRAP يک مارکر جديد است که تاکنون مطالعات زيادي در رابطه با اين مارکر در داخل کشور انجام نشده است.
عابديان و همکاران در سال 2012 تنوع بين گونهاي چند گونه از گيلاس را با استفاده از اين مارکر بررسي کردند که پليمورفيسم نسبتا بالايي را نشان داد و اين اولين گزارش مارکر SRAP در گيلاس بود(13). طالبي و همکاران نيز تنوع بينگونهاي چند گونه از پسته در ايران را با استفاده از اين مارکر بررسي کردند و پليمورفيسم بالايي را مشاهده نمودند(60).
در خارج از کشور مطالعات زيادي با استفاده از اين مارکر بر روي گياهان مختلف انجام شده است، لي وانگ و همکاران در سال 2008 تنوع ژنتيکي تربچه را با استفاده از مارکرهايSRAP، ISSR، RAPD ارزيابي کردند و درصد پليمورفيسم مارکرSRAP حدود 85% بود که مقداري قابلتوجه است(38).
يانگ و همکاران در سال 2012 با استفاده از اين مارکر تنوع ژنتيکي درون گونهاي درخت کنار را بررسي کردند که پلي مورفيسم بالايي را نشان داده و بسيار کارآمد بوده است(73).
يوجن و همکاران در سال 2010 با استفاده از اين مارکر و مارکرSSR تنوع ژنتيکي بين و درون جمعيتهايPogostemon cablin را در چين بررسي کردند. که در اين مورد نيز نتايج جالب توجهي به دست آمد و پلي مورفيسم خوبي را نشان داد(75).
زياوپنگ و همکاران در سال 2008 تنوع ژنتيکي گونه هاي ميخک را با استفاده از اين مارکر بررسي کردند(70).
گااو و همکاران در سال 2005 تنوع ژنتيکي بينگونه اي 22 گونه از Hedychium چيني را با استفاده از اين مارکر بررسي کردند و آنها را در 3 دسته طبقه بندي کردند و نقشه ژنتيکي آنها رسم شده است(22).
حمدي عمر و همکاران در سال 2011 تنوع ژنتيکي 24 گونه از Citrus را با استفاده از اين مارکر و مارکرهاي SSR و CAPS-SNP بررسي کردند و براساس نتايج مارکر SRAP کارآمدترين مارکر گزارش شد زيرا درصد پليمورفيسم آن از دو مارکر ديگر بيشتر بود(27).
وانگ و همکاران در سال 2011 تنوع ژنتيکي 68 گونه کرفس و گونههاي مرتبط با آن را با استفاده از مارکرهاي SRAP و SSR بررسي کردند. پليمورفيسم حاصله 95% بود که نشاندهندهي کارآمد بودن هر دو مارکرSRAP و SSR جهت بررسي کرفس و گونههاي مرتبط بود(67).
کاي و همکاران نيز در سال 2011 تنوع ژنتيکي و ساختار جمعيتي يک نوع ارکيده در حال انقراض را با استفاده از مارکر SRAP بررسي کردند درصد پلي مورفيسم81% درصد محاسبه شد و مشخص شد که اين گياه داراي تنوع ژنتيکي بالايي در سطح گونه است(17).
ييلديز و همکاران در سال 2011 از سه مارکر ISSR، RAPD و SRAP جهت بررسي تنوع ژنتيکي 63 ژنوتيپ هندوانه ترکي استفاده کردند. ميانگين درصد پليمورفيسم 90% بود که اين ميزان نسبت به مقادير قبلي به دست آمده در جهان بيشتر بود(74).
پنگ و همکاران نيز در سال 2008 تنوع ژنتيکي 23 جمعيت از گلرنگ ( (Carthamus tinctoriusو گونه هاي مرتبط با آن را با استفاده از مارکر SRAP بررسي کردند که پل مورفيسم نسبتا بالايي (57%) را نشان داد(46).
دانگ و همکاران در سال 2010 تنوع ژنتيکي 15 جمعيت نوعي از گندم سرخ وحشي در اسرائيل را با اين مارکر بررسي کردند و درصد پليمورفيسم 79% محاسبه شد(19).
شاو و همکاران در سال 2010 تنوع ژنتيکي 29 جمعيت گل داوودي را براساس مارکرهاي SRAP و ISSR بررسي کردند. پلي مورفيسم محاسبه شده توسط ISSR بيشتر از SRAP بود ولي با اين حال پليمورفيسم SRAP مقدار قابل توجهي (75%) بود(54).
ليو و همکاران در سال 2012 تنوع ژنتيکي 14 جمعيت وحشي از گرگتيغ (Lycium ruthenicum Murr) را با استفاده از اي

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *